工程項目管理軟件有別于其他軟件，一般都需要進行基于中小企業(yè)的本地化修改，基于中國工程中小企業(yè)的現狀，在應用工程項目管理實施時通常存在著以下幾方面的問題:

　　盲目跟風上馬工程項目管理項目，決策不理性。

　　對工程項目管理認識不正確。很多公司并沒有深入的了解工程管理系統(tǒng)，只是“別人”用的好，聽說過此類產品，就貿然買回來。這些企業(yè)的領導可能認為工程項目管理軟件和辦公軟件一樣，買回來就能用，這很顯然是一種想當然的觀點。

　　工程項目管理的核心是優(yōu)化管理。很多領導對工程項目管理如何提升和幫助企業(yè)并不了解不夠。沒有對企業(yè)內部管理現狀進行充分分析，選擇適合的軟件并推進，而且在購買時盲目追求大而全，忽視基于企業(yè)需求的本地化工程項目管理實施，也忽視了人員的培訓和業(yè)務流程再造。這種舍本逐末的作法，帶來的必然是工程項目管理系統(tǒng)的應用失敗。

　　缺乏需求分析和可行性分析。

　　很多中小型企業(yè)在進行工程項目管理系統(tǒng)的引入時，不考慮企業(yè)實際需求，不進行可行性分析，在企業(yè)條件不具備的情況沒有做針對性改進，在應用時才發(fā)現產品和企業(yè)的實際情況和需求相去甚遠，想要改變幾乎不可能，工程項目管理對企業(yè)的發(fā)展起到了負面作用，最終為此付出了昂貴的學費。

　　第三，工程項目管理首先是管理科學，工程項目管理的管理思想可能和中小型企業(yè)的當前管理流程存在一定的沖突——工程管理系統(tǒng)引用的主要目的是簡化工作流程，但部分中小企業(yè)更看重的各級對下級的控制權。因此引入系統(tǒng)后反而會感覺到不適應。最終形成系統(tǒng)雖然上線工程項目管理,但是還繼續(xù)存在另一套原有的手工業(yè)務流程，并長期并行運行，為企業(yè)管理帶來混亂和浪費，業(yè)務操作人員也不堪重負。

　　(2)資金短缺

　　首先，中小企業(yè)對工程項目管理預算不足。工程管理系統(tǒng)是一項復雜的系統(tǒng)工程，投資并不是想象中的一次性購置費用就可以滿足。服務器、維護、培訓費用等都是一筆不小的開支。有些企業(yè)過于在乎短期效益——在短期內不能獲得收益的工程都不敢全面投入，由此帶來資金缺乏問題，則成為困擾中小企業(yè)推進信息化的難題。

　　其次，中小企業(yè)籌資困難是普遍現象。中小型企業(yè)預算少、利潤薄、對于虧損與盈利的敏感程度遠大于大企業(yè)，傳統(tǒng)的工程項目管理應用模式需要中小企業(yè)購置硬件、軟件、實現系統(tǒng)集成和長期維護，綜合算起來，可能會產生數十萬的成本，這也使許多中小企業(yè)望而卻步。

　　(3)管理基礎薄弱

　　不少中小企業(yè)是以家庭企業(yè)或是鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)的形式發(fā)展過來的，人治大于法制，管理薄弱、管理制度和業(yè)務流程均不規(guī)范。由于工程項目管理的管理理論基礎是供應鏈管理，而供應鏈牽涉到企業(yè)的采購、供應、財務、人力資源、生產、設備、銷售等。因此沒有良好的管理基礎而貿然實施工程項目管理，極有可能水土不服，對于企業(yè)來說是弊大于利的。

　　(4)對工程項目管理的投資回報期望存在偏差

　　部分引入工程管理系統(tǒng)的公司迷信工程項目管理是萬能的，認為只要引用了系統(tǒng)，企業(yè)的管理問題都可以通過實施工程項目管理來解決。實際上工程項目管理系統(tǒng)僅僅是一套管理系統(tǒng)只能幫助解決企業(yè)競爭中德邦邠問題。

　　(5)員工素質較差，專業(yè)人才缺乏

　　不管系統(tǒng)如何，最終還是落到員工執(zhí)行。部門企業(yè)的員工缺乏專業(yè)素養(yǎng)和職業(yè)技能，需要即懂信息技術又懂管理的復合型人才對系統(tǒng)進行管理、維護乃至二次開發(fā)。

　　但現實中小企業(yè)非常缺乏此類人才。管理層和業(yè)務人員的素質無法適應工程項目管理的要求首先，企業(yè)業(yè)務人員缺乏培訓，對于新的管理思想和技術知識不清楚、不理解。

　　其次，工程項目管理系統(tǒng)是對企業(yè)流程的升級再造，而企業(yè)管理層通常局限在傳統(tǒng)的管理方法、體制和思維上，從而造成了在引入工程項目管理系統(tǒng)時，給予了企業(yè)錯誤的引導方向。

　　最后，由于中小企業(yè)各部門職責不清，在實施工程項目管理的過程中，由于涉及到一些部門權責利的變動，甚至工程項目管理系統(tǒng)的本身，就是將部門被員工利用職權暗自侵占的公司利益擺在明面上，還歸公司因此造成一些員工或明或暗地抵制工程項目管理的實施，各部門互相推諉責任，最終造成信息化進程的失敗。

　　(6)工程項目管理實施周期過長，缺乏有效的項目管理

　　工程項目管理實施應用過程非常復雜，需要進行軟件定制、硬件安裝和服務器建設，還會牽涉到企業(yè)的管理理念、工作習慣和工作方式等諸多方面的轉變。且由于生效周期長、工程項目管理購置和實施資金投入大，效果卻難立竿見影，這會對推行工程管理系統(tǒng)帶來非常大的壓力。